به گزارش اصفهان زیبا؛ شرکت رژی حدود ۲۰۰ هزار از اتباع دولت بریتانیا و مستعمره‌های آن را به‌عنوان کارکنان شرکت به ایران آورد. با حضور آن‌ها، حدود ۱۰۰ هزار مبلغ مسیحی وارد ایران شدند و ضمن بنای کلیسا در مناطق مختلف، دختران ایرانی را نیز به امور پرستاری در بیمارستان‌ها و بی‌حجابی واداشتند.
در تهران و بیشتر شهرها کافه‌هایی با انواع وسایل قمار و رقص‌های محلی و مشروبات الکی پدید آوردند. انگلیسی‌ها هرجا که می‌رفتند، نیروی اسلحه‌به‌دست و سواربراسب خود را نیز می‌بردند و این همان شیوه‌ای بود که در تصرف هند، ایجاد کمپانی هند شرقی، حضور نظامی به بهانه حفظ امنیت این کمپانی و درنهایت سلطه استعماری بر شبه‌قاره هند در طول نزدیک به یک‌ونیم قرن به‌کار گرفته بودند. مخالفت علما با اعطای امتیاز به کمپانی رژی، چهره جدید و قدرتمندی از اعتراض‌ها بود.
دلیل علما برای مخالفت با این امتیاز، افزون بر جنبه تجاری آن و اختلال در نظام بازرگانی کشور، نگرانی از نفوذ تدریجی و سلطه کامل بیگانگان بر ایران بود.
تجربه کمپانی هند شرقی این نگرانی را تقویت می‌کرد و علما را به مقامات دولتی که عامل ورود اروپائیان به ایران و دردست‌گرفتن اقتصاد کشور بودند، بدبین می‌ساخت.
در زمان واگذاری امتیاز، فرزند ناصرالدین‌شاه، مسعودمیرزا، ملقب به ظل‌السلطان، حاکم اصفهان بود. او به‌شدت از رژی حمایت می‌کرد و درصدد بود به‌نوعی غائله به نفع امتیاز کمپانی رژی ختم شود.
در اثنای شروع اعتراض‌ها و تحریم علمای اصفهان، ظل‌السلطان نامه‌ای به ناصرالدین‌شاه می‌نویسد: «از اصفهان قربان خاک پای جواهرآسای مبارکت شوم- اگرچه مفصلا همراه چاپار پست، راپورت روز پنجشنبه و جمعه آقانجفی و برادرش شیخ محمدعلی و ملاباقر فشارکی را عرض کرده‌ام، ولیکن به‌واسطه اعلاناتی که در کوچه‌ها چسبانیده‌اند و هرجا فرنگی را می‌بینند، دادوفریاد می‌کنند، لاعلاج دیدم توسط تلگراف عرض کنم در این دوروزه در میدان مصلا که در تخت‌فولاد است، اجماعی کرده‌اند که بر منبر رفته بر ضد دولت در باب تنباکو بانک و غیره مطالب بگویند. آن جمعیت چون خارج و نزدیک جلفا بود، غلام بسیار متوحش شد که اسباب اغتشاش کلی نشود. لیکن رکن‌الملک و کریم‌خان میرپنجه را با سوار فرستاد و آن جمعیت را پراکنده کرد و مشایخ را مانع از رفتن آنجا شد. ولی این غلام نمی‌دانست در منبر و مسجد و خانه‌شان چه می‌گویند و در مجلس درس چه مذاکره می‌نمایند؟ در این سه جا کشیدن قلیان را حرام و کشت‌وزرع تنباکو را حرام‌اندرحرام و حامی فرنگی را کافر و واجب‌القتل و نوکر و بستگان آن‌ها را نجس‌العین اعلان کرده‌اند. زیاده بر آنچه تصور بشود، اظهار فضولی و جرئت کرده‌اند و کلمات ناشایسته به زبان آورده‌اند. به‌خصوص شیخ محمدعلی برادر آقانجفی. این غلام هم در همه‌جا بیش از قوه خود جلوگیری از آن‌ها کرده، همه اعلانات را کند و چند نفر هم از اشخاصی را که دنبال فرنگی‌ها فریاد کرده بودند، به چنگ آورده تنبیه کرد. با حالت ناخوشی که در بستر افتاده‌ام، بیش از قوه خودم و استعدادی که دولت به من داده و حدی که مشخص کرده است، جنبیده‌ام، نفس کسی به خلاف قانون بیرون نیامده است، ارزانی و فراوانی هم در کمال خوبی است. ولکن این مشایخ سفیه که نمک مبارک و به جیقه مبارک که عقل ذی‌عقول از حرکات آن‌ها مات می‌ماند که به چه پشت‌گرمی و به چه اطمینان این حرکات از آن‌ها ناشی می‌شود و خود را مثل شب‌پره به شعله سخط و غضب دولت می‌زنند؟ به این جزئی حرکات غلام آرام نمی‌گیرند! گمان غلام این است که اگر آن‌ها از طرف شخص همایونی نصیحت یا مؤاخذه سخت و بازخواست نبینند، آرام نگیرند و رفته‌رفته اسباب زحمت بزرگی فراهم می‌آورند؛ اگرچه این غلام ناخوش است، افتاده و گرفتار با درد و همه جور مرض است، اما برای نثار جان در راه ولی‌نعمت و انجام فرمایشات همایونی به هرچه حکم بفرمایند اطاعت می‌کنم و انجام می‌دهم و جان خود غلام در آن راه تصدق شود افتخار بازماندگان است. غلام بی‌مقدار مسعود قاجار (ربیع‌الثانی ١٣٠٩).»
ناصرالدین‌شاه پس از دریافت این تلگراف ظل‌السلطان که حاکی از وحشت او از وقوع شورش مردم بود، در تلگرافی به آقانجفی به او توصیه کرد که به دعاگویی و رعیتی مشغول باشد و بی‌جهت آشوب به پا نکند. این در حالی بود که آقانجفی و برادرش علاوه بر اعتراض به قرارداد مذکور و مخالفت با کمپانی رژی، به شاه و ظل‌السلطان نیز می‌تاختند.
علمای اصفهان برای رویارویی جدی‌تر تصمیم عاجلی گرفتند و استعمال تنباکو را در آن منطقه تحریم و هرگونه دادوستد دخانیات را ممنوع اعلام کردند.
حاکم اصفهان برای لغو این حکم با علما مذاکره کرد؛ اما با مخالفت آنان روبه‌رو شد. فشار روزافزون بر علما، بسیاری از آنان را وادار به ترک اصفهان کرد؛ از آن جمله آقامنیرالدین بروجردی اصفهانی بود که شبانه به عراق نزد میرزای شیرازی رفت.
فشار تا جایی ادامه یافت که شاه به ظل‌السلطان نوشت: «اگر معترضان دست از عصیان برنداشتند، تدبیر دولت این است: هرقدر قشون از هر جنس از سواره یا پیاده توپخانه و قزاق‌خانه بخواهد برای تنبیه اشرار و الواط فورا به عرض برسانید، فورا فرستاده شود و سیاست و تنبیهی از اشرار و الواط باید بکنید که سال‌های دراز یادگار بماند.»
اما خیال باطل ناصرالدین‌شاه و فرزندش محقق نشد. روحانیت و ملت قدرت خود را در فتوای تاریخی تحریم تنباکو نشان دادند.
این فتواى قاطع و کوبنده استبداد را رسوا ساخت، قوت و قدرت اسلام و رهبران مذهبى را به نمایش گذاشت، براى نخستین‌بار توانایى مبارزه با قوی‌ترین قدرت زمان را به اثبات رساند و الهام‌بخش همه حرکت‌های ضداستعمارى و ضداستبدادى کشورهاى اسلامى شد.
