به گزارش اصفهان زیبا؛ هنگامی که شهید آیت‌الله‌العظمی سید علی خامنه‌ای در هشت هشت هشتاد به اصفهان تشریف می‌آورند و در عصر آن روز در جمع طلاب و روحانیون سخن می‌گویند، بخش‌های چشمگیری از سخنان خود را متوجه حوزه علمیه اصفهان در دوره صفویه می‌کنند و دیگر لازم به تذکر نیست که اگر بسترسازی حاکمیتی صفویان درآن دوران وجود نداشت، خبری هم از اعتلا و شکوفایی حوزه اصفهان نبود.
در میان شاهان دوره صفویه دو پادشاه، یعنی شاه‌اسماعیل و شاه‌طهماسب، از شخصیت‌های محبوب ایشان بودند و البته در ادامه، شاهان دیگر همگی موردانتقاد و حتی منفور بودند. اکنون باید واکاوی کرد که چه چیزی این دو پادشاه را از سایران متمایز می‌کند؛ درحالی‌که در اندیشه سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای درهرصورت پادشاهی محکوم و نامشروع است.
شاه اسماعیل کسی بود که ایران واحد و مستقل را به‌وجود آورد؛ کلیتی که از پس 500 سال همچنان پابرجاست. اقدام دوم و بسیار مهمی که او انجام داد، تشیع را به‌عنوان مذهبی رسمی اعلام کرد. او با این کار اگرچه ایران را از دنیای اسلام جدا و تنها کرد، ازآن‌‌پس تشیع به‌عنوان ستون هویتی ما ایرانیان شناخته شد.
درباره شاه‌طهماسب هم باید گفت که ماندگارترین اقدامش آن بود که از بلاد گوناگون علمای اسلام را به ایران فراخواند تا او را در امر حکومت‌داری یاری رسانند. این اقدام بزرگ، حاکمیت صفوی را از دایرمداری صوفیان دور و هرچه‌بیشتر به تشیع اصیل نزدیک کرد. در اینجاست که رهبر شهید از محقق کرکی نام می‌برند و از پس او، شیخ‌بهایی است که در شهر اصفهان منصب شیخ‌الاسلامی را عهده‌دار می‌شود؛ درواقع شاه‌طهماسب نظام شیعی صفوی را از حیث دینی، تثبیت کرد.
مطلب دیگر درباره حوزه آن زمان اصفهان کثرت نام‌هاست؛ اما به‌راستی این نام‌های بزرگ در حوزه اصفهان را با کدام صفت می‌توان به یکدیگر وصل کرد؟ وجه مشترک علمای دوران صفویه جامعیت ایشان در علوم مختلف است.
آنان معمولا در هشت حوزه صاحب فضل بودند: فقه، اصول، حدیث، تفسیر، حکمت، اخلاق، ریاضیات و نجوم. این جامعیت را می‌توان در شیخ‌بهایی به‌نحوی شایسته دید؛ علاوه‌برآن، شیخ‌بهایی را با نام مهندس نیز خطاب می‌کنند؛ یعنی کسی که درکی از هندسه عالم دارد و فراتر از معماران می‌تواند به شهر سامان دهد.
باید اعتراف کرد که بعد از دوران شیخ‌بهایی و شاه‌عباس به‌نوعی عصر عقب‌ماندن ما از کاروان پرشتاب علم جهانی آغاز شد و حوزه‌های علمیه و پادشاهان نالایق صفوی از پیگیری تکنیک و صنعت بازماندند و همین موضوع، خاطره دوران شاه‌عباس و شیخ‌بهایی در اصفهان را برای مردم ما صدچندان شیرین کرده و در طی تاریخ برای این دو شخصیت، داستان‌های فراوانی به‌صورت طبیعی تولید شده است.
نکته پایانی آنکه باید از خود بپرسیم دوره صفویه به ما چه داد و اساسا از صفویه چه باقی مانده که بیشترین توجه تمدنی امروز را به خود جلب کرده است؟ درباره آبادانی بلاد و رفاه مردم در آن زمان سخن بسیار گفته شده است و جهانگردان فراوان به اعتراف سخن گفته‌اند؛ اما منظور ما در این مجال، صرفا اشاره به آن کامیابی‌ها نیست.
مهم‌ترین اثر یادگار صفوی، «هماهنگی» است؛ به این معنا که در شهر صفوی سامانی وجود دارد که همه‌چیز در تناسب و هماهنگی خاصی در کنار هم قرار دارد؛ به همین مناسبت هم حوزه علمیه جایگاه خود را می‌یابد.
اینکه در این شهر بی‌مبالغه بیش از 100 مدرسه علمیه فعال بوده، برآمده از نیازی بوده است، نیازی که بخشی از آن، مربوط به شهر اصفهان و بخشی دیگر، منحصر به سایر بلاد جهان اسلام می‌شود. در انتها باید یادآور شد که حوزه علمیه، جایی در مدینه است، جایی که در کنار عناصر شهر، یعنی بازار، مسجد، حمام، کاروان‌سرا و حتی قبرستان معنا می‌یابد.