به گزارش اصفهان زیبا؛ شهر اصفهان همچون دیگر کانون‌های زیستی کشور ایران، تاریخی هزاران هزار ساله دارد. از دوران ورود آریایی‌ها و استقرارشان در اصفهان و دوران مادها و مادی‌های یادگارشان که بگذریم به یکی از دوران خاص این شهر کهن می‌رسیم. شهر اصفهان از ادوار دور، مسکن ادیان مختلف در کنار هم بوده است.
در دوران پادشاهی کوروش با فتح بابل و آزادسازی یهودیان از ستم بخت‌النصر، آن‌ها به ایران کوچیدند و به دنبال سرزمینی مشابه بابل برای سکونت و زندگی به جست‌وجو پرداختند. مقداری از آب‌وخاک بابل را با خود به همراه آوردند و خاک اصفهان را شبیه‌ترین سرزمین به بابل یافتند.
طبق نوشته ابن خلدون، یهودیان وقتی به اصفهان پا گذاشتند، در مکانی اتراق کردند و آن را «اشکهان» نامیدند که ترجمه آن از زبان عبری «در اینجا مینشینم» است. بسیاری نام اصفهان را برگرفته از همین لغت می‌دانند؛ هرچند نظریه‌های بسیار دیگری هم درخصوص وجه‌تسمیه اصفهان وجود دارد.
این‌گونه منطقه اصفهان و گستره وسیع پیرامون آن به جایگاه سکونت یهودیان تبدیل شد، در محلی که زین پس یهودیه نامیده شد و یکی از مراکز اصلی تشکیل و توسعه شهر بزرگ اصفهان بود. در ادوار بعد به‌خصوص در اوایل سده چهارم میلادی، مقارن با پادشاهی یزدگرد یکم ساسانی و در زمانی که شاپور ارمنستان را فتح کرد این مهاجرت ادامه داشت. برخی دلیل این مهاجرت به یهودیه و رونق آن را به سفارش «شوشندخت» (سوسندخت)، ملکه یهودی یزدگرد یکم و مادر «پیروز» ساسانی، مربوط می‌دانند.
در دوره امپراتوری ساسانی ساکنان یهودیه در آسایش میزیستند و از امنیتی که حکومت فراهم کرده بود برخوردار بودند؛ هرچند در دوران پیروز بر آن‌ها ستم روا شد و خسرو پرویز نیز به جهت قتل دو نفر از مغان زرتشتی توسط یهودیان فرمان کشتن نیمی از آن‌ها را صادر کرد.
با سقوط امپراتوری ساسانی و ورود اعراب به اصفهان، «یهودیه» نیز همچون محله جی در حدود سال ۲3 هـ. ق با انعقاد قرارداد صلح تسلیم اعراب شد. در آن دوره بین دو محله مسلماننشین شهرستان «جی» و یهودینشین «یهودیه» دیواری کشیده شد تا آن‌که سه قرن پس‌ازآن در زمان رکنالدوله دیلمی هر دو محله یکی شدند.
بر همین اساس یهودیه بزرگ‌تر شد؛ چنان‌که ابن حوقل بغدادی می‌نویسد: «میان دو بخش اصفهان دو میل فاصله است». این دو بخش متباین، هر کدام منبری دارد و یهودیه حدود دو برابر بزرگ‌تر از شهرستان است. مقدسی می‌نویسد وسعت یهودیه نه‌تنها با همدان رقابت میکند، بلکه بزرگ‌ترین شهر ایالت «جبال» است. ایوب بن زیلا مساحت آن را هفتصد جریب میداند و می‌نویسد مردم آن همه یهودی هستند و به مشاغلی مانند حجامت، دباغی، گازری، قصابی و مشغول بودند.
حافظ ابونعیم در قرن چهارم هجری نخستین کسی است که به جای یهودیه از نام «جوباره» استفاده کرده است و می‌نویسد «کوی جهودان» ساسانیان همان جایی است که امروزه جوباره نام دارد و کانون قسمت یهودینشین اصفهان است.
در مورد وجه‌تسمیه جوباره نظرات بسیاری مطرح است که این نام، جویباره یا جهودباره بوده، اما در بررسی‌های تاریخی می‌بینیم یکی از چهار دروازه جی باستانی گوشبَرَ (دروازه تیر) نام داشت که به دروازه یهودیه هم معروف بود. در گذر زمان و تسلط اعراب و تبدیل حرف گاف به جیم نام این محل از گوشبَرَ به جوشباره و جوباره مبدل شد.
در سال‌های قرن پنجم طبق گواهی ناصرخسرو قبادیانی شمار یهودیان جوباره ۱۵ هزار نفر بوده است. با پیدایش فرقه اسماعیلیه نهضت جدیدی علیه یهود آغاز شد. بدتر از آن هجوم و کشتار مغول بود. تا پیش از صفویه اهالی مسلمان اصفهان از دو فرقه حیدری و نعمتی تشکیل می‌شد.
مسلمانان جوباره نعمت الهی و ساکنان محله دردشت حیدری بودند و به دلیل مشکلات و رقابت‌های مذهبی با یکدیگر سالیان سال در ستیز و جنگ بودند به گونه‌ای که هنوز ضرب‌المثل دعوای حیدری نعمتی در بین مردم مصطلح است. کمال الدین عبدالرزاق اصفهانی شاعر و دانشمند نامدار که از این جنگ و نزاع به تنگ آمده بود، چنین می‌سراید:
تا درِ دشت هست و جوباره
نیست از کوشش و کشش چاره
ای خداوند هفت سیاره
پادشاهی فرست خونخواره
تا درِ دشت را چو دشت کند
جوی خون آورد ز جوباره
عدد هر دوشان بیفزاید
هر یکی را کند به صد پاره
عجیب آن که نفرین او با حمله چنگیزخان مغول مستجاب شد و مغولان خون از اصفهان و جوباره جاری کردند و البته خود کمال اسماعیل هم به دست مغولان به قتل رسید و مقبره‌اش هم اینک در همین محله قرار دارد.
لشکر تیمور در اصفهان 70 هزار سر برید. در برخی منابع ذکرشده در روز «روزه بزرگ یهود» در سال ۱۳۸۷ میلادی، تیمور سوار بر اسب از محله جوباره میگذشت، صدای عبادت اهالی موجب وحشت ناگهانی اسبها می‌شود، تیمور به زمین میخورد و پایش لنگ می‌شود و حکم به قتلعام آن‌ها و تبدیل کنیسه به مسجد میدهد.
عده تلفات یهود به‌قدری زیاد بود که یهودیه به خرابه و ماتم‌کده مبدل شد. سنگهای مزار قبرستان‌های یهودیان تا حمله مغول تاریخ دارد ولی ناگهان قطع شده و مدت چند قرن کسی را در آنجا به خاک نسپرده‌اند. این خود سندی است که حمله مغولها چه کشتاری در جوباره اصفهان رقم زد.با بروز فتنه افاغنه، همان‌گونه که این واقعه برای همه ایرانیان علی‌الخصوص مردم اصفهان بسیار ناخوشایند بود، دامن‌گیر اهالی جوباره نیز شد و در این آشفتگی آن‌ها متحمل خسارات و فجایع اندوه‌باری شدند.
با قیام نادرشاه و اخراج افغانها و بعدتر در دوران کریمخان زند وضعیت و ثبات کمی بهتر شد. پاسکال کوست نقاش فرانسوی که در دوران محمدشاه قاجار به اصفهان آمد، تعداد کلیمیان را شش هزار نفر تخمین زده است. در دوران قاجار تا پهلوی وضعیت محله جوباره کمافی سابق به شکل محله‌ای تودرتو و پر از کوچه‌های تنگ و قدیمی و بناهای کم‌ارتفاع بود. محدودیت‌هایی که تا آن زمان برای یهودیان اعمال می‌شد، باعث شده بود خانه آن‌ها در مکانی پست و پایین‌تر از معبر و خانه مسلمانان ساخته شود.
جوباره از 9 محله به نام‌های میدان میر، لت ورد، دار البتیخ، سید احمدیان، درب دریچه، گود مقصود، سلطان سنجر، پاشاخ و یازده پیچ تشکیل می‌شد که همگی به‌صورت کوچه‌های پیچ‌درپیچ به یکدیگر اتصال داشتند. اکثر این نام‌ها برای مردم اصفهان و اهالی جوباره آشناست؛ چراکه هنوز گذرها و کوچه‌های این محل با آن اسامی سابق مشهور است.
آغاز مدرنیته در ایران و شروع شهرسازی نوین و خیابان‌کشی‌های جدید در دوران پهلوی اول باعث شد این محله دچار تغییر و تحول بسیار شود. از یک لحاظ ساخت خیابان‌های جدیدی همچون مجلسی، عبدالرزاق، کمال اسماعیل و ابن‌سینا باعث سهولت دسترسی محلی شد و جوباره وضعی آبرومندتر پیدا کرد، ازیک‌طرف ساخت این خیابان‌ها در این محور تاریخی باعث شد صدها خانه تاریخی ارزشمند تخریب شود.
هرچند یهودیه و جوباره در گذشته به محدوده وسیع‌تری اطلاق می‌شد، اما هم‌اکنون حدفاصل خیابان‌های سروش، ولیعصر و مجلسی به‌عنوان جوباره شناخته می‌شود.
با توجه به قدمت این محله آثار تاریخی بسیاری در این محل وجود داشته است. برخی از آن‌ها همچون مناره و مسجد خواجه علم، مناره ته برنجی و مسجد جوباره از بین رفته‌اند اما هنوز این محله یکی از غنی‌ترین مکان‌های دیدنی و تاریخی اصفهان است.
مناره چهل‌دختران با قدمت نهصد سال، دو مناره دارالضیافه که سردر یک کاروان‌سرای مجلل بوده‌اند، مناره ساربان، مقبره کمال اسماعیل و خانه‌های تاریخی پرشمار تنها تعدادی از جاذبه‌های جوباره هستند.
در شهر اصفهان به مناسبت زندگی کلیمیان طی هزاران سال 20 کنیسه نیز وجود دارد که 16 عدد در جوباره و مابقی در محله‌های دیگر است. کنیسه ملایعقوب، کنیسه ملانیسان، کنیسه ملاربیع، کنیسه بزرگ، کنیسه شموئل و کنیسه سنگ بست تعدادی از آن‌ها هستند.
در دوران معاصر با گسترش شهر و افزایش جمعیت، محله جوباره علاوه بر کلیمیان پذیرای مسلمانان بسیاری نیز شد و امروزه یکی از محله‌های پرتردد و فعال شهر اصفهان محسوب می‌شود.