انتخابات سومین دوره مجلس شورای اسلامی در آخرین سال جنگ تحمیلی با حضور سه تشکل مهم و فعال با نامهای جامعه روحانیت مبارز تهران، مجمع روحانیون مبارز و ائتلاف مستضعفان و محرومان در شرایط خاص و حساس جنگ برگزار شد. در مرحله اول انتخابات (19/1/1367) 180 نفر و در مرحله دوم (23/2/1367) 82نفر به مجلس راه یافتند. مجمع روحانیون مبارز (جناح چپ) با توجه به فضای تبلیغاتی، به پیروزی چشمگیری در انتخابات دست یافت و توانست اکثریت مجلس را از آن خود کند. در این دوره مجلس شورای اسلامی دو جناح عمده فعالیت داشتند. جناح چپ (حزبالله) اکثریت را دارا بودند و جناح راست یا محافظهکار که در اقلیت بودند. اختلافات عمده این جناحها بر سر مسائل اقتصادی و روابط خارجی بود و بعضا هنگام تصویب برخی از قوانین مانند طرح تثبیت تعداد کاندیداها در هر انتخابات به شدت مقابل همدیگر قرار میگرفتند. پذیرش قطعنامه 598 و پایان جنگ هشتساله، ارتحال حضرت امامخمینی(ره)، رهبری حضرت
آیت الله خامنه ای، بازنگری در قانون اساسی و ادغام ریاست جمهوری و نخستوزیری از حوادث مهم این دوره و سازندگی ویرانههای جنگ، ذهن مشغولی این دوره از مجلس بود.
تعداد نمایندگان دوره سوم مجلس باید 270 نفر میبود. ولی به علت رحلت امامخمینی(ره) در خرداد 1368 و تغییراتی که پس از آن در ساختار سیاسی کشور به وجود آمد، بعضی از نمایندگان از سمت نمایندگی استعفا دادند و مسئولیتهای اجرایی، قضایی و… گرفتند. سیدمحمدرضا امامزاده واقفی، حسین کمالی، حسین محلوجی، مصطفی معین نجفآبادی، محسن نوربخش و اکبر هاشمی رفسنجانی سمتهای دیگری گرفتند و دو تن از نمایندگان به نام های محمدحسین افتخاری و عباس حسنی سعدی فوت کردند. یک نفر نیز به نام عبدالمجید شرعپسند از طرف مجلس مستعفی شناخته شد و چهار نفر هم به نام های محمدتقی صابری انصاری، هادی خاتمی، فخر روحانی و علی شاهرخی قبادی به دلایل مختلف اعتبارنامه آنها رد شد؛ لذا انتخابات میان دورهای مجلس برگزار شد و افراد دیگری جایگزین آنها شدند. بدین ترتیب کلا 277 نفر به عنوان نماینده وارد مجلس سوم شدند که از این تعداد چهار نفر زن و 273 نفر مرد بودند.
در مجلس سوم 47 وزیر رأی اعتماد گرفتند و چهار وزیر معرفیشده موفق به گرفتن رأی اعتماد نشدند. در یازدهمین جلسه علنی مجلس که در روز پنجشنبه 9 تیر 1367 به ریاست مهدی کروبی نایب رئیس مجلس تشکیل شد و از 217 رأی، 204 نفر رأی موافق، هشتنفر رأی مخالف و با پنجنفر رأی ممتنع مهندس میرحسین موسوی با اکثریت آرای مجلس، رأی اعتماد گرفت. موسوی اعضای کابینه خود را در جلسه علنی پنجشنبه 30 تیر 1367 برای رأی اعتماد به مجلس معرفی کرد و در جلسه 22 شهریور 1367، 21 عضو کابینه موسوی از مجلس رأی اعتماد گرفتند. وزرای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی (محسن رفیقدوست) کشاورزی (عباسعلی زالی) و آموزش و پرورش (سید کاظم اکرمی) موفق به رأی اعتماد نشدند. در جلسه 30 شهریور 1367 مجلس مجددا به بحث و بررسی درباره شش وزیر جدید معرفی شده پرداخت و پس از آن به پنج وزیر از وزرای پیشنهادی رأی اعتماد داد. آقای هدایتزاده برای تصدی وزارت بازرگانی موفق به کسب رأی اعتماد نشد.
بعد از رحلت امامخمینی(ره) و انتخاب حضرت آیتالله خامنهای به مقام رهبری، انتخابات پنجمین دوره ریاستجمهوری در تاریخ 6 مرداد 1368 برگزار و هاشمی رفسنجانی به عنوان رئیسجمهور انتخاب شد. هیئت وزیران برای اخذ رأی اعتماد در جلسه 132 مجلس در تاریخ 28 مرداد 1368 معرفی شدند. مجلس پس از سه روز بحث و بررسی درباره صلاحیت کابینه آقای هاشمی رفسنجانی به تمام وزرای پیشنهادی رأی اعتماد داد. در مجلس سوم از طرف نمایندگان 57 سؤال از مسئولان اجرایی پرسیده شد که حدود 40 سوالی که در مجلس مطرح شد، مجلس از پاسخ قانع نشد و به کمیسیون مربوطه ارجاع داده شد که در نتیجه گزارش کمیسیون، 10 مورد پاسخ وزیر قانعکننده بود و چهار مورد پاسخ وزیر قانعکننده نبود. 17 سؤال هم در مرحله اعلام وصول باقی ماند.در مجلس سوم 47 وزیر رأی اعتماد گرفتند و چهار وزیر معرفیشده موفق به گرفتن رأی اعتماد نشدند. در یازدهمین جلسه علنی مجلس که در روز پنجشنبه 9 تیر 1367 به ریاست مهدی کروبی نایبرئیس مجلس تشکیل شد و از 217 رأی، 204نفر رأی موافق، هشت نفر رأی مخالف و با پنج نفر رأی ممتنع مهندس میرحسین موسوی با اکثریت آرای مجلس، رأی اعتماد گرفت. مجلس سوم در تاریخ 6 مرداد 1371 پایان یافت و عمده نمایندگان این دوره از مجلس برای مجلس چهارم رد صلاحیت شدند.