گواردیولا پس از اتمام دوران فوتبالش به سمت مربیگری رفت و در سال 2007 عهده‌دار هدایت بارسلونای B شد و توانست این تیم را از دسته سوم اسپانیا به دسته دوم برساند. پس‌ازاین فصل خوان لاپورتا او را به مربیگری تیم نخست بارسلونا منصوب کرد و این شروع ظهور نبوغ او در عرصه جهانی فوتبال و برگی جدید و طلایی در تاریخ فوتبال بود.
او طی 4 سال حضورش بر روی نیمکت آبی اناری‌ها توانست یکی از برترین دوران‌های تاریخ بارسلونا را رقم بزند و توتال فوتبالی که کرویف و دیگر هلندی‌های بارسلونا در این تیم تزریق کرده بودند به تکامل نهایی رساند و اکنون پس از سال‌ها شاهد هستیم روش بازی گواردیولا در بارسلونا همچنان در این تیم باقیمانده است. فلسفه گواردیولا را همان‌طور که گفته شد باید الهام گرفته از زمان حضورش در بارسلونا در زمان مربیگری کرویف دانست و بخش عمده شکل بازی تیم‌هایش همچون آن تیم است، البته که تجارب گورادیولا در دیگر کشورها و نیز مهم‌تر از همه صحبت‌هایش با بیلسا بسیار در بهبود فلسفه‌اش مؤثر بوده است. بیلسا نقاط ضعف ایده گواردیولا را اصلاح و بسیار در این راه به او کمک کرد و ازاین‌رو گواردیولا خود را شاگرد بیلسا می‌داند.
پس از دوران بسیار موفق در بارسلونا، گواردیولا به دلیل مشکلاتی از این تیم جدا شد و به غول قرمز پوش آلمانی یعنی بایرن مونیخ پیوست. پس از دوران درخشان فصل 2013/2012 در بایرن که با هدایت یوپ هاینکس به اتمام رسید، باواریایی‌ها آماده بودند با ورود گواردیولا این سلطه در اروپا و لیگ را ادامه دهند. در دوران 3 ساله حضور گواردیولا علی رغم کسب نتایج درخشان در لیگ اما آن‌ها موفق به کسب قهرمانی در اروپا نشدند، قهرمانی که همانا هدف اصلی بایرن از انتخاب گواردیولا بود و این عدم موفقیت اصلی‌ترین دلیل ادامه ندادن همکاری با گواردیولا.
دوران گواردیولا در بایرن فقط منحصر به کسب این جام‌ها نبود. تأثیری که گواردیولا بر فوتبال بایرن و آلمان گذاشت، همچون تأثیرش بر بارسلونا همچنان نیز واضح است. شیوه بازی کنونی بایرن مبتنی و الهام گرفته از سبک بی‌رحمانه و قدرتمند یوپ هاینکس بزرگ و گواردیولا است و این شیوه ربطی به مربی ندارد، همان‌طور که شاهد بودی کارلتو و کواچ به دلیل همین عدم انطباق با این شیوه نتوانستند تغییرات دلخواهشان را اعمال کنند و کارشان به شکست انجامید اما فلیک توانست به دلیل تجربیاتش در تیم ملی آلمان با همین روش و نیز بایرن‌مونیخ به‌خوبی با این سیستم کار کند و به موفقیت بالایی برسد. تیم ملی آلمان هم پس از حضور گواردیولا در بایرن‌مونیخ تا حدی تحت‌الشعاع سبک این مربی قرار گرفت و اکنون هم برخی از فلسفه گواردیولا را در تیم آلمان مشاهده می‌کنیم.
تأثیر بزرگ دیگر گواردیولا در آلمان بر روی آکادمی و بازیکنان پایه بود. همان‌طور که در حال حاضر می‌بینیم استعدادهای جدید آلمانی به‌وضوح مطابق با شیوه و فلسفه بازی گواردیولا رشد می‌کنند و اگر در این سبک سیستم قرار گیرند به نحوی عمل خواهند کرد که گویا چندین سال در آن تیم قرار داشته‌اند.
پس از بایرن حال نوبت به پروژه جدیدی در کارنامه گواردیولا بود. این مرد اسپانیایی به انگلستان رفت تا در ادامه پروژه بزرگ منچستر سیتی به این تیم کمک کند. پروژه‌ای که با مانچینی و پیگرینی شروع و ادامه یافته بود و حال شیخ‌های اماراتی در نظر داشتند با این مربی بزرگ به اوج قدرت در انگلیس و اروپا برسند.
گواردیولا به دلیل بودجه بسیار زیاد سیتیزن‌ها و اختیارات بسیاری که برای او بود، به‌راحتی توانست افراد موردنیاز سیستمش را جذب کند و امپراطوری و سبک کاریش را به‌راحتی در این باشگاه ایجاد کند.
گواردیولا گرچه در دو سال اخیر یعنی جام جهانی 2018 و فصل گذشته سیستم و فلسفه‌اش با مشکل روبرو شد و تیم‌های مدافع به‌خوبی برابر آن عمل کردند، به صورتی که او در فصل گذشته و ابتدای این فصل افتی را در تیمش با این سیستم شاهد بود، همچنان که تیم‌هایی که مالکانه و با روش او بازی می‌کردند در این امر تاکتیکی به مشکل برخورد کردند و مهم‌تر از همه شکست عجیب این فلسفه در جام جهانی 2018 بود که بسیاری آن را پایان دوران و فلسفه او می‌خواندند.
اما این نابغه تسلیم نشد و با تغییراتی که در فلسفه و تاکتیک‌هایش به وجود آورد توانست بار دیگر به همگان ثابت کند مغز متفکر حال حاضر فوتبال کیست و او را نباید تمام‌شده دانست. تاخت‌وتاز کنونی سیتی، مهر تأییدی برای غرش دوباره گواردیولا و فلسفه اوست که قصد قدرت‌نمایی برجهان را دارد.
گواردیولا در هر شرایطی و صرف‌نظر از عقاید طرفدارانِ یکی از برترین مربیان تاریخ چه ازلحاظ کسب جام و چه ازلحاظ تأثیر بر فوتبال است و به‌هیچ‌عنوان نمی‌شود نبوغ و خلاقیت و بزرگی و قدرت ذهن و توانایی‌هایش را انکار کرد.
