۱۱ روز پس از صدور حکم امام، آیتالله هاشمی رفسنجانی، رئیس وقت مجلس، گزارش آرای نمایندگان مجلس در مورد لزوم عزل بنیصدر از ریاستجمهوری را به اطلاع حضرت آیت الله خمینی (ره) رساند و در ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ لایحه عدم کفایت سیاسی بنیصدر برای ادامه ریاستجمهوری به تصویب مجلس رسید. اینچنین بود که سرانجام در اول تیرماه ۱۳۶۰ متعاقب تصویب لایحه مجلس، امام خمینی در پاسخ به نامه رئیس مجلس بنیصدر را از ریاستجمهوری عزل کردند. عزل بنیصدر، آغاز زندگی مخفی او به مدت پنج هفته بود. در این زمان هیچکس از محل اختفای او مطلع نبود؛ البته مسعود رجوی بعدها اعتراف کرد که مجاهدین خلق بنیصدر را پس از عزل در خانهای واقع در مرکز تهران مخفی کرده بودند. با عزل بنیصدر از مقام ریاست جمهوری، منافقین به او پیشنهاد کردند تا با کمک آنها از ایران خارج شود. بنیصدر پذیرفت که همراه با رجوی از کشور فرار کند. ابوالحسن بنیصدر درساعت 22 و 45دقیقه سهشنبه ششم مرداد سال 1360 به اتفاق رجوی و با همکاری عدهای از منافقین در لباس پاسداران با هواپیمای بوئینگ 707 با هدایتِ سرهنگ خلبان معزی بهطور غیرمجاز بهسوی قبرس پرواز کرد و پیش از آنکه هواپیماهای شکاری نیروی هوایی ایران که در تعقیب هواپیمای ربودهشده حامل بنیصدر بودند به این هواپیما برسند، از مرز ایران خارج شد و بهسوی فرانسه فرار کرد. سرهنگ معزی، خلبان هواپیمای حامل بنیصدر، همان کسی است که در 26 دی ماه 1356 هدایت هواپیمای شاه معدوم را به مقصد قاهره پایتخت مصر برعهده داشت. فردای آن روز ساعت ۱۰ صبح چهارشنبه، هفتم مرداد ۱۳۶۰، خبر فرار بنیصدر و رجوی روی خروجی خبرگزاری فرانسه قرار گرفت. در تلکس خبرگزاری فرانسه آمده بود: «یک هواپیمای ایرانی که حامل ابوالحسن بنیصدر، رئیسجمهور سابق ایران بود در پایگاه نظامی اورو در حومه پاریس به زمین نشست.» این خبرگزاری همچنین به نقل از یک منبع آگاه گزارش داد که بنیصدر از فرانسه تقاضای پناهندگی سیاسی کرده و دولت فرانسه این درخواست را پذیرفته است، به شرط اینکه در خاک آن کشور دست به هیچگونه فعالیت سیاسی نزند. روزنامهها در تهران چنین نوشتند: «ابوالحسن بنیصدر رئیسجمهور معزول ایران به کشور فرانسه گریخت و از دولت این کشور تقاضای پناهندگی سیاسی کرد.» سرهنگ قاضیعسگر و سرهنگ دهقان دو خدمه هواپیمای نظامی 707 سوخترسان نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران در بازگشت از فرانسه در گفتوگویی درباره چگونگی فرار بنیصدر، رئیسجمهور معزول ایران و رجوی رهبر سازمان مجاهدین خلق ایران (منافقین) جزئیات بیشتری را در اختیار رسانهها قرار دادند. سرهنگ دهقان با اشاره به اینکه در تاریخ ششم مرداد 1360 طبق برنامه روزانه عازم مأموریت جنگی بوده است، گفت: «در ساعت 9 شب سرگرم بازرسی قسمتهای مختلف بهجهت آمادهکردن هواپیما جهت سوختگیری بودیم، هنگام بازرسی هواپیما متوجه شدم که درب یکی از دو توالت هواپیما قفل است و خواستم این مسئله را به اطلاع مسئولان برسانم که مردی مسلح مرا دستگیر کرد و مدعی شد که در هواپیما بمبگذاری شده و کوچکترین حرکت باعث انفجار آن خواهد شد. پس از چند لحظه دیدم که سرهنگ قاضیعسگر را که در آن زمان همافر بود، دستگیر کرده و نزد من آوردند.» سرهنگ قاضیعسگر نیز در این باره گفت: «آن شب پس از اینکه هواپیما را بازرسی کردیم، سرهنگ خلبان معزی درب هواپیما را بست و در پاسخ به سؤالات من که پرسیدم همافر دهقان مسئول سوخت هواپیما کجاست؟ گفت: انتهای هواپیماست. من کنجکاوتر شده بودم، خواستم جهت جستوجو به قسمت عقب هواپیما بروم که شخصی فریاد زد: «ایست، از جایت تکان نخور وگرنه شلیک میکنم.» در همان لحظه درب توالت باز شد و دو نفر از داخل آن بیرون آمدند. یکی از آنها مردی بود که ریش داشت و خود را رجوی معرفی کرد و نفر دوم هم شخص لاغراندامی بود. در همان زمان همافر وکیلی و مهندس پرواز هواپیما از پلکان هواپیما بالا آمدند تا دلیل عدم پرواز و تأخیر ما را بپرسند که به محض ورود آنها را نیز دستگیر کردند.» همافر دهقان در مورد نحوه شناسایی بنیصدر در هواپیما میگوید: «پس از اینکه درها بسته شد، هواپیما به راه افتاد و در حال صعود بود که درب توالت مجددا باز شد و شخص دیگری با چهره عرقکرده و با لباسِ پرواز بیرون آمد که رجوی او را دکتر بنیصدر رئیسجمهور ایران معرفی کرد.
ما از این لحظه متوجه شدیم که بنیصدر نیز در هواپیماست. در تمام مدت پرواز، رجوی و یک نفر دیگر با اسلحه ما را زیر نظر داشتند و شخص دیگری نیز در داخل کابین مرتبا در تماس با فرانسه بود و ما در عبور از مرزهای هوایی کشورهای مختلف با هیچ مشکلی مواجه نشدیم.» همافردهقان در مورد اطلاع دولت فرانسه از هواپیما و فرود این هواپیما در خاک آن کشور گفت: «به نظرمی آمد که قبلا فرود این هواپیما به اطلاع دولت فرانسه رسیده بود و پس از صحبتِ بنیصدر با نخستوزیر فرانسه که در هواپیما انجام شد، ما در فرودگاه فرانسه به زمین نشستیم.» بهزاد نبوی که در آن زمان وزیر مشاور در امور اجرایی و سخنگوی دولت بود در گفتوگو با خبرگزاری پارس گفته بود: «شب گذشته ساعت 10:45 یک هواپیمای سوخترسان نیروی هوایی حامل بنیصدر و رجوی با یک مأموریت عادی پرواز میکند و بر روی آسمان با اعلام نقص فنی مسیر خود را عوض میکند که به محض تشخیص اینکه یک توطئه میباشد، دو فانتوم نیروی هوایی جمهوری اسلامی او را تعقیب میکند، اما متأسفانه به نتیجه نمیرسند و هواپیمای مذکور از مسیر ترکیه، یونان و ایتالیا به فرانسه میرود… .»
بنیصدر به محض ورود به فرانسه از فرودگاه نظامی حومه پاریس که هواپیما به آنجا هدایت شده بود، به آپارتمان شخصی خود در کشان عزیمت کرد. او در کنار پلکان آپارتمان خویش مصاحبه مطبوعاتی تشکیل داد و چنین گفت: «رویدادها و مقاومت مردمی نشان داد ملت ایران مصمم است راه انقلاب را ادامه دهد. تنها 15درصد از مردم ایران در انتخابات اخیر شرکت کردند.»
پس از فرار بنیصدر همسر او که در ایران بود، دستگیر شد اما با سفارش آیتالله بهشتی آزاد شد. حجتالاسلام باغانی در اینباره میگوید: «در آن مقطع، آیتالله بهشتی، رئیس دیوان عالی کشور و آیتالله موسوی اردبیلی، دادستان کل کشور بودند. شهید بهشتی به آقای موسویاردبیلی سفارش کردهبود تا خانم بنیصدر را آزاد کنند و استدلال ایشان این بود که بنیصدر تا دیروز رئیسجمهور ما بودهاست. بنابراین دستگیری همسر او انعکاس مطلوبی در جهان نخواهد داشت. آقای موسویاردبیلی توصیه شهید بهشتی را نپذیرفت و در پاسخ اظهار کرد که شفاهی نمیشود. بنابراین شهید بهشتی بهطور کتبی نوشت و خانم بنیصدر آزاد شد.»