خراسانی زمانی عهدهدار این حوزه کهنسال شد که حوزه قم در اوج جوانی و نشاط بود و با حضور آیت الله العظمی بروجردی دوران رشد خود را طی میکرد؛ اما از این طرف درست حوزه شماره یک سالیان نزدیک ایران، رو به زوال بود، تا جایی که حوزویان این شهر حتی نمیتوانستند مدرسههای خود را حفظ کنند.
اژدهای میراثخوار پهلوی این بار به سراغ مدرسه صدر بازار رفته بود تا نشان دهد ماجرای ستیزش با تشکیلات روحانیت حد و نهایت ندارد. بعد از کوتاهکردن لباس روحانیت و تبدیل عبا به قبا، حالا نوبت تخریب مدارس یکی پس از دیگری بود. هرکدام به بهانهای و اگر ستونهای مدرسه صدر که در صدر تمامی مدارس اصفهان است، بریزد، دیگر در برابر آب رهاشده از این سد ریخته، تاب و توانی برای مقاومت دیگران باقی نمیماند.سید محمدرضا که خود تحصیلکرده مدرسه صدر بازار بود، در این ایام مرد و مردانه در این مدرسه ماند و آشکارا فریاد زد: تا زمانی که جسد من را از مدرسه بیرون نینداختهاید، مدرسه را رها نخواهم کرد. پایمردی او و چندین تن از مدرسان و علما باعث شد که عاقبت رژیم یک قدم عقب بنشیند و از تخریب مدرسه صدر منصرف شود.
بعد از آن خراسانی که گام اول را محکم برداشته بود، به طلاب ساکن مدرسه پیام داد که در خانههای خود بنشینید و لباسهایتان را تغییر ندهید. من به یاری خدا و عنایت حضرت بقیهالله الاعظم زندگانی شما را تأمین خواهم کرد؛ اما بدون شک مهمترین و ماندگارترین اقدام آیتالله سیدمحمدرضا خراسانی احیای مدرسه چهارباغ بود.
در آن زمان مدرسه چهارباغ تحت نظر باستانشناسی و اداره اوقاف درآمده و طلاب علوم دینی از آن بیرون رانده شده بودند. این مدرسه در زمان شاه سلطان حسین صفوی اساسا برای درس و بحث حوزوی ساخته شده بود و به نوعی زیباترین مدرسه اصفهان است. کاشیکاریهای این بنا به قدری زیبا و متنوع است که برخی مدرسه چهارباغ را موزه کاشیکاری ایران مینامند. این مدرسه به شکل چهار ایوانه ساخته شده و در گرداگرد آن حجرههای طلاب وجود دارد.در طبقه بالا هم حجرههای فراوانی وجود دارد که مکان درس خواندن و البته زندگیکردن طلاب است. بزرگی این مدرسه از یک سو و وجود درختان کهنسال و گذر آب مادی از میانه آن، بر زیباییاش صدچنان افزوده، تا جایی که بسیاری از رهگذران هم آرزو میکنند ای کاش در چنین مدرسهای درس بخوانند.
سرانجام زعیم توانمند حوزه علمیه اصفهان توانست با مذاکره، مکاتبه و تدابیر عالمانه، مدیریت این مدرسه را در دست بگیرد و بلافاصله آنجا را محل سکونت طلاب کند تا رونق به آن مکان بازگردد و برای آنکه مدرسه چهارباغ مطابق با شأن خود پایگاه علمی زمان شود، اساتید برجستهای را برای تدریس به این مدرسه فراخواند.بیان فقه در درجه عالی آن را به آیتالله احمد فیاض سپرد. شیخ محمود مفید که بزرگترین حکیم مکتب اصفهان در زمان خود بود، در مدرسه چهارباغ اسفار درس میداد و میرزا علی آقا شیرازی به تدریس اخلاق و نهجالبلاغه میپرداخت و خود نیز تدریس خارج اصول را تا روزهای پایانی عمر به صورت منظم و بدون هیچ وقفهای ارائه میداد. اجتماع این نامها در کنار نامهای دیگر در مدرسه چهارباغ کافی بود تا آن مدرسه را بار دیگر به مهمترین پایگاه علمی آن زمان اصفهان تبدیل کند.این مهم میسر نبود، جز با اهتمام آیتالله خراسانی و اعتقاد او که تأکید داشت: مدرسه باید مدرسه بماند.و چهارباغ مدرسه ماند و مدرسه صدر هم برای آیندگان پابرجا ماند. این رسالتی بود که آیتالله سید محمدرضا خراسانی بر آن تأکید داشت و در مجموع موفق هم بود.
او باید مشعلی را در دوران سرما و در برابر وزشهای هولناک باد زمستانی نگه دارد و الحق موفق هم بود. در مدرسه صدر کتابخانهای مجلل ساخت. آن را زیبا ساخت تا به آنها که روزی میخواستند این مدرسه را خراب کنند بگوید «ما هستیم» و «ماییم که برقرار میمانیم».خراسانی 86 سال زیست و به همان مقدار حرکت کرد و ماندگاری حوزه علمیه اصفهان ثبت در کارنامه او و سند دفاع او از هویت این شهر است و اینگونه بود که اصفهانیها پیش از سید حسین خادمی به او تکیه زدند و در حصن او متحصن شدند.
