روز شنبه ۱۹ شهریور، دفتر لاریجانی به انتشار شایعه انتصاب او به‌عنوان رئیس هیئت عالی حل‌اختلاف و تنظیم روابط قوا واکنش نشان داد و نفیا و اثباتا این خبر را نه تأیید کرد و نه تکذیب و انتشار آن را «شیطنت رسانه‌ای» دانست. به گزارش ایسنا، هیئت عالی حل‌اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه در اجرای بند ۷ اصل ۱۱۰ قانون اساسی تشکیل شده است. طبق بند هفت اصل ۱۱۰ قانون اساسی «حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه» از وظایف و اختیارات رهبر جمهوری اسلامی به‌حساب می‌آید. در همین راستا در سوم مرداد ۱۳۹۰، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر انقلاب اسلامی در حکمی آیت‌الله سید محمود هاشمی‌شاهرودی را به ریاست هیئت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه و سید محمدحسن ابوترابی‌فرد، سید مرتضی نبوی، عباسعلی کدخدایی و سید صمد موسوی‌خوشدل را به‌عنوان اعضــای ایـن هیـئـت بــرای یــک دوره پنج‌ساله منصوب کردند. متن حکم رهبر انقلاب به این شرح بود: «بسم‌الله الرحمن الرحیم آیــت‌الله جنــاب آقــای سیــدمـحـمـــود هاشمی شاهرودی دامت برکاته، در اجرای بند ۷ اصل ۱۱۰ قانون اساسی، هیئت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه به‌منظور بررسی و ارائه نظرات مشورتی در موارد حل اختلاف و تنظیم روابط سه‌قوه تشکیل می‌گردد و جناب‌عالی و آقایان حجت‌الاسلام سیدمحمدحسن ابوترابی، سیدمرتضی نبوی، عباسعلی کدخدایی و سیدصمد موسوی خوشدل به‌عنوان اعضای آن هیئت عالی برای یک دوره پنج‌ساله انتخاب می‌شوید. ریاست هیئت مذکور به عهده جناب‌عالی خواهد بود. لازم است مسئولان عالی نظام خود در تعامل با یکدیگر، روابط قوا را به‌نحو مطلوب تنظیم و اختلافات احتمالی را رفع کنند و کمال همکاری را با هیئت مذکور به عمل آورند. از خداوند متعال توفیق همگان را خواستارم.»پس‌ازاین حکم، علی لاریجانی، رئیس وقت مجلس شورای اسلامی در نطق ۴ مرداد ۱۳۹۰ خود در صحن پارلمان تأکید کرد: «مجلس شورای اسلامی از اقدام پسندیده، داهیانه و به‌موقع رهبر معظم انقلاب اسلامی، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (دامه برکاته) که جهت سامان‌بخشی به این وظیفه مهم نهادسازی نموده و هیئتی را مأمور تحقق این امر نمودند صمیمانه سپاسگزاری می‌نماید و قطعا در زمینه اجرای صحیح قانون و تنظیم روابط قوا در جهت تحقق سیاست‌های کلی کمال همکاری را با هیئت مذکور به عمل خواهد آورد.» صــادق آملــی‌لاریجــانــی، رئیــس وقــت قوه‌قضائیه هم تشکیــل هیئت عــالــی حل‌اختلاف را «اقدامی حکیمانه» از سوی رهبر انقلاب اسلامی دانست و گفت: «گرچه وظیفه این هیئت همان‌طوری که در نص کلام مقام معظم رهبری آمده مشورتی است؛ اما هر امری که به رفع اختلاف و رفع موانع وحدت بین قوا کمک کند، پسندیده و مناسب است و امیدواریم که همه این امور به انسجام و استحکام بیشتر جمهوری اسلامی منجر شود. در آن زمان اختلافات محمود احمدی‌نژاد به‌عنوان رئیس قوه مجریه با قوه مقننه به ریاست علی لاریجانی و قوه قضائیه به ریاست صادق آملی‌لاریجانی باعث شد تا حل برخی اختلافات میان قوای سه‌گانه به این هیئت واگذار شود. اختلافات بر سر برنامه پنجم توسعه، بودجه سال ۱۳۹۱، مکاتبات معاونت نظارت مجلس با دولت و نحوه هدفمندی یارانه‌ها ازجمله مواردی بود که به هیئت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه ارجاع شد.در ۶ آذر ۱۳۹۰ دبیرخانه هیئت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه خبر داد که آیین‌نامه داخلی این هیئت پس از بحث و بررسی در جلسه‌ها، در ۱۱ ماده به تصویب نهایی رسیده است. در ماده یک این آیین‌نامه، وظایف اصلی هیئت، ارائه نظرات مشورتی در موارد
حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه، اهتمام به منتفی‌ساختن اختلاف در مراحل رسیدگی با توافق طرفین، شناسایی آسیب‌ها و ارائه راه‌حل‌های کلی، جامع و قاعده‌مند، رصد رفتار قوا به‌منظور انجام اقدامات پیشگیرانه قبل از بروز اختلاف و هم‌افزایی توانایی‌های قوای سه‌گانه تعیین شده است. بر اساس ماده ۷ این آیین‌نامه، موارد حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه با درخواست هر یک از رؤسای قوا و یا هیئت عالی و ارجاع مقام معظم رهبری در دستور کار هیئت قرار می‌گیرد. مطابق ماده ۹ هم‌نظرها و راه‌حل‌های مهم مطروحه در جلسه‌های هیئت در خصوص موضوعات موردبررسی به همراه استدلال‌های ارائه‌شده، به استحضار رهبر انقلاب می‌رسد. ۱۱مرداد ۱۳۹۵ رهبر انقلاب با قدردانی از زحمات رئیس و اعضای هیئت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه در دوره اول، مسئولیت هر پنج عضو این هیئت را برای یک دوره پنج‌ساله دیگر تمدید کردند. این هیئت در دوران ریاست حسن روحانی بر قوه مجریه هم برخی موارد اختلافی میان دولت و قوای مقننه و قضائیه را حل‌وفصل کرد. به‌طور مثال پس از اختلاف میان شورای نگهبان و دولت بر سر حضور مینو خالقی، کاندیدای منتخب مردم اصفهان در مجلس که پس از انتخابات ۱۳۹۴ بر سر حضورش مناقشاتی به وجود آمد، هیئت، نظر شورای نگهبان را تأیید کرد و خالقی نتوانست وارد مجلس شود؛ همچنین لایحه جامع وکالت و قانون حمایت از آمران به معروف و ناهیان از منکر از جمله دیگر مواردی بود که میان دولت و مجلس و قوه قضائیه باعث ایجاد اختلاف شد. درباره لایحه جامع وکالت، هیئت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه، حق را به دولت داد و در موضوع قانون حمایت از آمران به معروف و ناهیان از منکر که دولت روحانی با آن مخالف بود، از طرف هیئت حق به مجلس داده شد. با درگذشت آیت‌الله هاشمی‌شاهرودی در دی‌‌ماه ۱۳۹۷، هیئت عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه‌گانه رئیس خود را ازدست‌داده؛ اما گفته می‌شود که در مواردی، ازجمله اختلاف دولت دوازدهم با مجلس دهم شورای اسلامی بر سر لزوم گزارش سالانه رئیس‌جمهور و وزرا به نمایندگان در مرداد ۱۳۹۸، این هیئت جلسه‌های خود را بدون رئیس تشکیل داده است.
