منطقه حفاظت شده کرکس با وسعت 114 هزار هکتار بخشي از جنوبيترين منطقه کرکس است که شهر نطنز در دامنه شرقي آن قرار دارد. راه ارتباطي اين شهر به کاشان و اصفهان به ترتيب از شرق و جنوب آن مي گذرد. منطقه کرکس از سمت جنوب شرقي به کوير بزرگ اردستان و از سمت غرب و جنوب غربي به بيابان هاي حد فاصل شهرهاي اصفهان و ميمه مشرف است. اين منطقه در منتهي اليه شمال شرقي استان اصفهان و همجوار با اکوسيستم بياباني و نزديک به پارک ملي کوير قرار گرفته است. وجودکوههاي بلند نظير رشته کوه و قله کرکس موجب تغييرات پر دامنه آب و هوايي در اين منطقه شده؛ به طوري که کاملاً آن را از مناطق همجوار خود متمايز کرده است. این منطقهٔ حفاظتشده طبق مصوبه شماره ۶۹۹ در تاریخ ۱۳۸۶/۱۱/۱۲ در فهرست مناطق تحت حفاظت سازمان محیط زیست ایران قرار گرفت.