یکی از مهمترین و شاخصترین آثار تاریخی در مرکز شهر نطنز بنای آتشکده متعلق به دوره ساسانی است که شکل متقارن چهار وجهی با قاعدهای مربع دارد. این بنا در نزدیکی مسجد جامع واقع شده است. آتشکده نطنز که با آن چهارطاقی نیز گفته می شود، در یکی از مهمترین محورهای گردشگری این شهر و در راستای مسجد جامع، حسینیه تاریخی، گذر تاریخی و بازار نطنز قرار دارد. این آتشکده در تاریخ ۱۸ تیر ۱۳۱۱ با شماره ۱۸۷ به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
بقعه امامزاده آقاعلی عباس و سید محمد(ع) یکی از جاذبه های دیدنی نطنز است. این امامزادگان فرزندان بلافصل امام موسی کاظم(ع) بودند که توسط مأمون عباسی به قتل رسیدند. این بقعه که در ۳۰ کیلومتری شهر نطنز و ۸ کیلومتری شهر بادرود واقع شده که از نظر معماری بسیار دیدنی است. این بنا در زمان پهلوی دوم شروع به ساخت شده و پس از انقلاب تکمیل شد.
از آثار دیدنی شهرستان نطنز آب انبار محله افوشته در جنوب شرقی این شهر است که مقابل ورودی غربی حسینیه تاریخی این محله قرار دارد. سردر این بنای ساخته شده در عصر محمدشاه قاجار شامل طاقی رومی به بلندی 8.4 متر و دهانه 5 متر است که در دو طرف آن 2 سکو از جنس سنگ مرمر دیده می شود. در متن کاشیکاریهای این بنا نام سازنده و تاریخ ساخت مشخص نیست؛ ولی گفته شده که این آب انبار همراه با شش آب انبار دیگر در روستاهای طامه، ابیازن، خفر، چیمه، کمجان و برز را حاج ابوالقاسم طامهای در زمان محمد شاه قاجار ساخته است. این آب انبار 33 پله سنگی دارد و سطح خارجی مخزن آن دارای گنبدی بدون ساقه با دو بادگیر نیمهخراب است.