در اینکه ایشان در واقعه کربلا و پس از آن حضور داشته‌اند و نقش مؤثری در تبدیل جریان عاشورا به یک جریان سیال تاریخی داشتند، شکی نیست؛ اما در برخی متون مستند تاریخی نامی از ایشان به‌عنوان رقیه ذکر نشده است و همین امر دستمایه‌ای برای ساختن شبهات درباره حضور ایشان در کربلا شده است. مادر حضرت رقیه(س)، ام‌اسحاق است که هنگام تولد ایشان از دنیا رفت و این دختر به خاطر یتیم‌بودن بسیار مورد توجه سایر بچه‌های امام حسین (ع) و بنی‌هاشم بود. به این خاطر که تمام پسران سیدالشهدا(ع) علی، و دخترانشان فاطمه نام داشتند، منابع نام این کودک را فاطمه بیان می‌کنند؛ اما دلیل رقیه‌بودن ایشان چیز دیگری است. حضرت زینب سلام‌الله‌علیها خاله‌ای ناتنی به نام رقیه داشت که همسر عثمان خلیفه دوم بود و روز پیروزی جنگ بدر به دلیل افشای محل مخفی‌شدن مغیرة بن ابی العاص توسط عثمان مورد ضرب و شتم شدید قرار گرفت و درگذشت. پس از وفات حضرت رقیه (س) هنگامی که حضرت زینب(س) بدن کودک را آماده غسل کرد، با دیدن شدت جراحات و کبودی‌ها او را «رقیه» خطاب می‌کند و از اینجا مسمی به رقیه شد.
ذکر نام ایشان در منابع دینی
باید گفت که علاوه بر اینکه نام «رقیه» در کتاب شریف «لهوف سید بن طاووس» و نیز سایر کتب تصریح شده است؛ مرحوم شیخ علی فلسفی نیز در کتاب «حضرت رقیه (س)» می‌‌گوید در بیش از بیست کتاب، نام ایشان را رقیه دیده است.از جمله حائری در کتاب معالی‌‌السبطین، ابن ابی مخنف در «مقتل‌الحسین» و قاضی نورالله شوشتری در «احقاق الحق» ایشان را با نام رقیه ذکر کرده‌اند.آیت‌الله مکارم شیرازی نیز در پاسخ درباره شبهه مطرح‌شده فرموده‌اند: «شکی نیست که دختر کوچکی از امام حسین(ع) در شام از دنیا رفت و در آنجا دفن شد و حرم فعلی منسوب به همان دختر است؛ اما این که نام آن دختر رقیه بوده یا نام دیگری داشته در بین دانشمندان اسلامی اختلاف نظر وجود دارد؛ هر چند معروف این است که نامش رقیه است.»
کرامات بانوی سه‌ساله
سید ابراهیم دمشقی و خانواده‌اش بارها از کرامات این طفل سه ساله صحبت کرده‌اند که یکی از این کرامات نفوذ آب به قبر مطهر ایشان است. خود این بانو از طریق خواب به خانواده سید دمشقی اطلاع دادند تا از والی دمشق جواز نبش قبر گرفته و قبر را بازسازی کنند. سید دمشقی از سه روزی که بدن مطهر حضرت رقیه (س) بیرون از قبر بود روایت کرده‌اند: «کل این سه روز بدن ایشان را در آغوش گرفتم و به جز زمان نماز هیچ زمان دیگری آن را زمین نگذاشتم لذا به اذن خداوند هیچ آثاری از گرسنگی، تشنگی و رفع حاجت بر من عارض نشد.» ایشان در جای دیگری گفت: «در روز آخر که کودک را در آغوش داشتم از ایشان خواستم که از خداوند بخواهند تا من صاحب اولاد ذکور شوم». لذا در حال حاضر پسران سید دمشقی متولی زیارتگاه این بانوی سه ساله هستند. حضرت رقیه (س) اگر دختر حسین بن علی نیست، این همه کرامات و اعجاز از کجا آمده؟ قطع‌الیقین ایشان دختر سیدالشهدا بوده، در صحنه کربلا حضور داشته و بعد از تحمل سختی‌های بسیار در دمشق و 25 روز پس از شهادت پدرش به شهادت رسید.
