مرتضی کاشانی در این باره در خاطرات خود مینویسد: «بعد از نامگذاری حزب، تصمیم گرفتیم که اعضای هیئت اجرائیه را انتخاب کنیم. بین من، دکتر بقایی و میرمحمدصادقی در چاپخانه جلسهای برای تعیین اعضای هیئت اجرائیه حزب تشکیل شد و دکتر بقایی، دکتر عباس ریاضیکرمانی و دکتر عیسی سپهبدی را انتخاب کردیم. سپهبدی مردی موذی بود و با جاهایی ارتباط داشت. همچنین او رابط و سخنگوی حزب بود. برای خلیل ملکی هم دو نفر رابط گذاشتیم: جلال آلاحمد و مهندس قندهاریان، ولی جلال آلاحمد از حزب انصراف داد و بهجای ایشان ناصر وثوقی انتخاب شد. در آخر هم من و آقای میرمحمدصادقی، یوسفیزاده و زندی که دانشجوی دانشکده فنی بود، با هم بودیم. به این ترتیب سه نفر بقایی، سه نفر ملکی و چهار نفر ما، در مجموع ده نفر شدیم. نام این اعضا را «هیئت اجرائیه زحمتکشان ملت ایران» گذاشتیم. در مورد چگونگی تعیین رهبر حزب هم، آقای ملکی به دکتر بقایی گفتند که فعلا شما رهبر باشید، حزب بهنام شماست و تا پنج ماه این سمت در اختیار شما باشد، بعد از آن برای تعیین رهبری حزب تصمیم میگیریم. آقای بقایی هم قبول کردند و مرامنامه و اساسنامه را نوشتیم و فعالیت خود را در قالب حزب رسما از اردیبهشت 1330 آغاز کردیم.»
حزب زحمتکشان بعد از کودتای ۲۸ مرداد و تا زمانی که مظفر بقایی درگذشت، فعالیت مستمر نداشت؛ فقط در زمانهایی که دولتها از جانب نیروهای فعال سیاسی به چالش طلبیده میشد بقایی هم با انتشار بیانیههایی و جمعآوری نیروهای پراکنده خود دست به فعالیت میزد و هنگامی که فعالیت سیاسی کاهش مییافت حزب زحمتکشان هم مانند دیگر گروههای سیاسی در انزوا فرو میرفت و باز انتظار روزی را میکشید که امکان فعالیت فراهم شود. با وجود این، خیلی از فعالان سیاسی بر این عقیده هستند که حزب زحمتکشان حتی قبل از کودتا نفوذ کلمه نداشت. دوره نخست وزیری حسین علاء هم چیزی را تغییر نداد و در مدت نخستوزیری او حزب زحمتکشان مجال فعالیت نیافت و همچنان عمر خود را به انتظار فراهمآمدن شرایط مقتضی گذراند. رهبر حزب نیز نتوانست از تغییر دولت طرفی بربندد. اما در همین دوره تلاشهایی برای ائتلاف حزب زحمتکشان با حزب مردم به رهبری حسین علاء صورت گرفت که بعضا موجب ناامیدی باقیمانده هواداران بقایی شد. پایان دولت حسین علاء با شروع فعالیتهای جان.اف.کندی، کاندیدای حزب دموکرات ایالات متحده آمریکا، مصادف شد و به دنبال آن فضای سیاسی کشور برای فعالیت مجدد مساعد شد و بقایی هم از شرایط موجود بهره برد و دست به انتشار اطلاعیهها و اعلامیهها زد و با روی کار آمدن دولت شریف امامی و شروع انتخابات دوره ۱۹ قانونگذاری حزب دست به فعالیت گسترده برای تصاحب کرسی نمایندگی مجلس زد. اما فعالیتهای این دوره هم برای حزب دستاوردی نداشت و رهبر حزب نیز نتوانست اعتماد دولتمردان را جلب کند و همانند دوره مصدق برای خود موقعیتی کسب نماید. مظفر بقایی در دوره نخست وزیری علی امینی به اتهام اقدام علیه امنیت کشور بازداشت و محاکمه شد که در جریان محاکمه که متن آن بهطور کامل در جراید منتشر میشد، سعی کرد از عملکرد خود در برابر دولت دکتر مصدق دفاع کند. متن این دفاعیات تحت عنوان« چه کسی منحرف شد؟من یا مصدق؟» چاپ و منتشر شد.
در پایان جلسات متعدد این دادگاه بقایی از اتهامات منتسبه تبرئه شد. در جریان قیام ۱۵ خرداد، بقایی به نام حزب زحمتکشان به حمایت از قیام برخاست؛ اما مورد توجه مردم مسلمان و رهبری آن امام خمینی(ره) واقع نشد؛ به ویژه که بعضا از سوءنیت او در این هواداری صوری خبر دادند و عنوان کردند که بقایی هیچ اعتقادی به مبانی مذهبی نداشت الا اینکه قصد لوث کردن نهضت را در سر میپروراند.
حزب زحمتکشان پس از آن توفیق چندانی در مبارزات سیاسی نیافت و تنها در سال ۱۳۵۷ حزب مذکور اجازه فعالیت سیاسی یافت و این در حالی بود که در آن زمان فعالیتهای حزب به شدت از رونق افتاده بود و مقامات امنیتی اجازه فعالیت آزاد به احزاب نمیدادند. با این وجود تا سال ۱۳۵۷ این حزب نتوانست موقعیتی کسب کند و فعالیت زیادی کند. در دوره انقلاب هم لاجرم در پی حوادث و جریانات، در انزوای مطلق فرو رفت و رهبر حزب هم در وصیتنامه سیاسی خود که بعدها تحت عنوان «افول یک مبارز» چاپ شد، امید هواداران حزب را به یأس مبدل کرد و آنگاه هم که به آمریکا سفر کرد و مورد توجه محافل امنیتی و جاسوسی آمریکا قرار گرفت، اعتبار خود را از دست داد و در بازگشت از آمریکا توسط دادگاه انقلاب دستگیر و زندانی شد و در روز ۲۶ آبان ۱۳۶۶ در تهران درگذشت.
