حزب ملل اسلامی بیشتر تحتتأثیر اندیشه وحدت مسلمانان قرار داشت که توسط تعدادی از علمای اهل سنت و شیعه در دارالتقریب تبلیغ میشد. ایدئولوژی حزب آمیزهای از اندیشههای شیعی و سنی جریانهای مختلف اسلامیِ موجود در ممالک اسلامی عرب و کتابها، نشریات و اعلامیههای این جریانات در شکلگیری حزب مؤثر بود. در مرامنامه حزب به جز در یک اصل اشارهای آشکار یا تلویحی به مذهب شیعه نشده بود تا ظاهرا به این طریق از پیدایش مباحث تفرقهانگیز میان مسلمانان شیعه و سنی اجتناب شود. حزب مخالف رژیم سلطنتی بود، از نظام جمهوری نیز به دلایلی چون خلف وعده در اعطای آزادی به مردم و دروغگویی در تبلیغات مبنی بر صیانت از حقوق بشر انتقاد میکرد. حزب برای مخالفت با سلطنت راهکارهایی پیشبینی کرده بود که عبارت بودند از: تبلیغات و تلقینات، ایجاد آگاهی سیاسی بین تودهها و برانگیختن نفرت مردم با ذکر خیانتها و جنایتهای شاه. هدف نهایی حزب تشکیل حکومت اسلامی فراملی در کل جهان اسلام بود، و در یک نگاه آرمانی هدف نهایی خود را «عضویت تمام تودههای جهان در حزب ملل اسلامی» دانسته بود. حزب یک برنامه 65 مادهای داشت و مهمترین ماده آن ایجاد دو مجلس به نامهای مجلس مردم و مجلس بزرگان بود.
مجلس مردم محل طرح لوایح و مجلس بزرگان که از فقهای عادل تشکیل میشد محل بررسی آنها به لحاظ رعایت حدود شرعی و در نهایت تصویب لوایح بود.
حزب تشکیلات سازمانی بسیار پیچیدهای را پیشبینی کرده بود و در رأس آن رهبر حزب که تأکیدی بر فقاهت وی وجود نداشت با اختیارات بسیار منجمله حق عزل و نصب تمام مناصب حزبی قرار داشت.
فعالیت تشکیلاتی حزب به سه مرحله تقسیم میشد: 1. مرحله ازدیاد و تعلیم (رشد کمی و آموزشی) با هدف ایجاد یک سازمان سیاسی، تشکیل هستههای اولیه حزب و تربیت کادرها با اولویت آموزشهای ایدئولوژیک؛ 2. مرحله استعداد (آمادگی رزمی) با هدف ایجاد یک سازمان نظامی از بطن سازمان سیاسی؛
3. مرحله ظهور (مبارزه علنی) که خود سه مرتبه داشت: مرتبه اول، اعلام موجودیت و دعوت مردم به مبارزه مسلحانه علنی، مرتبه دوم، ارعاب و عملیات تخریبی در دستگاههای مهم دولتی مانند مجلس و وزارتخانهها و مرتبه سوم، آغاز مبارزه مسلحانه تمامعیار تا پیروزی و برقراری حکومت اسلامی.
اعضای حزب ملل در طول مدت عضویت خود ماهانه مبلغی به عنوان حق عضویت پرداخت می کردند. در جلسات حزب شرکت میکردند و به مطالعه نشریات و کتب سیاسی، آموزش قرآن و … میپرداختند.
علاوه بر این از طرف کمیته مرکزی حزب نشریهای به نام «خلق» به صورت ماهانه منتشر میشد که ارگان رسمی حزب بود. اولین شماره این ماهنامه در بهمن 1343 منتشر شد و تا 9 شماره ادامه یافت.
مطالب ماهنامه در مسیر تقویت افکار انقلابی، اسلامی و توجیه مشی مسلحانه تنظیم و حوادث سیاسی داخلی و خارجی تجزیه و تحلیل میشد. غیر از نشریه «خلق» برخی جزوات آموزشی که ماحصل مطالعات رهبر و کادر مرکزی حزب درباره انقلابهایی چون کوبا، الجزایر و ویتنام بود، در اختیار اعضا قرار میگرفت.
حزب برای مدتی به ساماندهی خود پرداخت و در نهایت خود را برای مبارزه مسلحانه آماده کرد. گرچه بجنوردی مدعی است که اگر حزب لو نمیرفت و اعضای آن دستگیر نمیشدند فرصت مییافت مبارزه وسیع، همهجانبه و مسلحانه را علیه حکومت عملی کرده، تمام نیرو و امکانات خود را در خط رهبری امام قرار دهد،اما به تواتر شنیده شده که امام چنین حرکتهای مسلحانهای را تأیید نمیکردند.
از آنجا که فعالیت حزب از سطح جذب نیرو، آموزش و ایجاد آمادگی فکری و روانی اعضا فراتر نرفت نمیتوان برای آن کارنامه عملی ترسیم کرد. ناگفته نماند که در آستانه قیام 15 خرداد، حزب ملل اسلامی برای نخستینبار به طور پنهانی اعلام موجودیت کرد و عملیات تبلیغی گستردهای با هدف پیوندزدن خود به حرکتهای انقلابی و مردمی با توزیع اعلامیههای امام به اجرا گذارد. بدینترتیب نخستین گام حزبی در 15 خرداد 1342 برداشته شد. حزب اما پس از فاششدن تشکیلات و دستگیری همه اعضای آن در سال 1344 به سرعت منحل شد، رهبران آن سالها در زندانهای پهلوی به سر بردند. حمایت علمای نجف از بجنوردی مانع از اعدام وی شد و بجنوردی برای سالها تا آستانه پیروزی انقلاب در زندان به سر برد.