حسینیه کوی سنگ در نائین، مرکز محله سنگ نو قرار دارد. این حسینیه مربوط به دوره قاجار است و در تاریخ ۲۵ اسفند ۱۳۸۰ با شمارهٔ ۵۴۴۰ بهعنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. این حسینیه باستانی در سال ۱۳۸۸ه.ش با فرش ماشینی یکپارچه ۸ضلعی با قطر ۱۳ مترمربع مفروش شد. طرح آن با الهام از نقوش سنتی و تزئینات داخلی گنبد توسط گروه تخصصی فرش اسلیمی طراحی، سپس تولید و نصب شد.
آستان امامزاده سلطان حسین (ع) در شهرستان نطنز، بخش مرکزی، دهستان کرکس، روستای ابیازن (25 کیلومتری نطنز) قرار دارد. قدمت این بنا مربوط به عصر صفویه و دارای گنبدی دوپوش و فیروزه رنگ است که از کف 20 متر ارتفاع دارد. امامزاده سلطان حسین (ع) فرزند بلافصل حضرت امام هادی (ع) است.
محله تاریخی سرشک یکی از محله های قدیمی باغشهر تاریخی نطنز است. قدمت حسینیه این محله به دوره صفویه باز میگردد و در دو ضلع غربی و شرقی هر ضلع دارای هفت صفه یا غرفه و در دو ضلع شمالی و جنوبی هر ضلع دارای چهار صفه یا غرفه است. این حسینیه سه دروازه یا ورودی در اضلاع شمالی، جنوبی و غربی دارد. در تختگاه میانی حسینیه در ایام محرم همه ساله تعزیه برگزار میشود و زیر آن فضایی خالی قرار دارد که مربوط به قنات تخریب شده کهجه است. در دو طرف تختگاه دو جوی آب جاری قرار دارد که آب قنات بهاءالدین از آن میگذرد. درخت کهنسالی در مرکز حسینیه وجود دارد که بیش از ۴۰۰سال از عمر آن می گذرد.
نارین قلعه قدیمیترین بنای تاریخی در شهر نائین استان اصفهان است. این قلعه در مرکز بافت تاریخی شهر نائین قرار دارد و بهعنوان دژ یا کهندژ شهر کاربرد نظامی داشته است. بعدها شهر نائین در اطراف آن توسعه و گسترش یافته. بر اساس نوع مصالحی که در نارین قلعه استفاده شده، قدمت این قلعه به دوره اشکانیان بر میگردد و دو هزار سال قدمت دارد. بنای تاریخی نارین قلعه به شماره ۴۱۷۷ مورخ ۶۵/۸/۴ در فهرست آثار ملی ایران ثبت شده است.
موزه مردمشناسی کویر در نائین در خانه تاریخی پیرنیا قرار گرفته است. این اثر تاریخی متعلق به دوران صفویه و در کنار مسجد جامع نائین است. خانه پیرنیا در تاریخ ۲۹ شهریور ۱۳۵۶ با شماره ۹۹۵ بهعنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
باغ مصلای نائین که تاریخ سنگ مزارش سال ۹۵۳ هجری (۱۵۴۷ میلادی) را نشان میدهد، باغی آرامگاهی است که به دستور شاه قاجار برای ارجگذاری و یادبود، بر مزار پیشینیان خاندانهای پیرزاده و پیرنیا ساخته شده است. مساحت باغ مصلای ۱۸٬۰۰۰ متر مربع است که امارت اصلی اش، گنبدخانه ای است و در میان آن سه سنگ مزار در کنار هم قرار دارد. باغ مصلای نائین، در آبان ۱۳۶۵، با شماره ۱۷۱۹، به عنوان یکی از آثار ملی ایران، به ثبت رسیدهاست. عمارت مصلی مدفن سید نوربخشی بزرگ سلسله نوربخشیه است. مزار این عارف روبه روی در ورودی باغ مصلی قرار دارد و سنگ مرمری با تاریخ ۹۵۳ هجری بر مزار او نصب شده است.
مسجد جامع نائین یا مسجد علویان در انتهای شمال غربی شهر نائین، در محله باب المسجد نزدیک حصار قدیم شهر قرار دارد. قدمت مسجد بازه ای از سده دوم تا سده چهارم ه.ق را شامل می شود. به عبارتی از مساجد شبستانی صدر اسلام است که با وجود توسعه و بازساریی سده های بعدی، صورت شبستانی خود را تا امروز حفظ کرده است. در کتاب «مجموعه هنر در تمدن اسلامی» این مسجد جزء مصادیق معماری دوره عباسیان آورده شده است. این مسجد در سال 1310 با شماره 144 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
مسجد جامع محمدیه مشهورترین اثر تاریخی روستای محمدیه شهر نائین است و در محله باب المسجد قرار دارد. این مسجد که با نامهای مسجد جمعه و مسجد جامع و یا مسجد علویان نائین نیز شناخته میشود، در اواخر قرن چهارم و اوایل قرن پنجم ه. ق ساخته شده است. آنچه در این مسجد توجه بیننده را به خود جلب میکند شباهت کلی و مشخص آن با مساجد تاریخانه دامغان و مسجد جامع نیریز فارس است. این اثر در تاریخ ۱۰ خرداد ۱۳۸۲ با شماره ۹۰۵۶ بهعنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
مسجد بافران از آثار تاریخی بافران از توابع شهرستان نائین است. بنای اصلی این مسجد بر اساس شواهد موجود احتمالا مربوط به قرن چهارم تا ششم هجری است. مناره مدور خشتی مسجد بافران در دوره سلجوقی بنا شده و تنها تاریخ موجود در آن متعلق به سال 924 مجری قمری است. این مسجد در مرکز بافت قدیمی روستا قرار دارد. این مسجد تاریخی در ۲۵ خرداد سال ۱۳۸۱ با شماره ثبت ۵۸۸۷ بهعنوان یکی از آثار تاریخی ایران ثبت ملی شد.
مسجد «خواجه خضر» در شهر نائین در محله نوگاباد و در انتهای بازار تاریخی نائین قرار دارد؛ به نحوی كه ورودی آن كاملا در جلو راستای بازار است. این مسجد به «مسجد خواجه» هم معروف است. مسجد خواجه خضر در انتهای بازار بزرگ شهر قرار دارد و قدمت آن بر اساس سنگ نوشته ای که در بالای محراب قضای مهتابی مسجد نصب شده ، سال 1168 هجری قمری مکتوب شده است.
روستای مزرعه امام از توابع بخش مرکزی شهرستان نائین است. این روستا از شمال به محمدیه، از جنوب به مسیر ترانزیتی شمال به جنوب کشور، از شرق به صحرای شهداد و دشت کویر و از غرب به شهر نائین محدود شده است. روستای مزرعه امام در موقعیت هموار و صاف در سطح زمین ایجاد شده که همواره با الگوگیری از موقعیت جانمایی و گذری دوران صفویه از گذرهای عریضی با اسلوب متفاوت از موقعیت های روستاها و شهر های مجاور برخوردار بوده که این به عنوان خصوصیات بارز روستا مد نظر است. هسته اولیه روستا را همچنان که از شواهد موجود می توان برداشت کرد در اطراف مسیر اصلی قنات و حسینیه تاریخی روستا می توان مشاهده کرد. قدمت کلی روستا متعلق به دوران صفویه است؛ اما قسمتی از آن به قبل از این دوران نیز برمیگردد. طبق آخرین سرشماری مزرعه امام به طور تقریبی هزار نفر جمعیت دارد.
محله تاريخی محمديه در فاصله 2 کيلومتری شهر نائين قرار دارد. اين محله که هم اکنون جزئی از شهر نائين شده، در قدیم دهی بوده و قدمت آن را دوره پيش از اسلام ذکر می کنند. وجه تسميه این محله را نيز گرويدن ساکنان آن به دين محمد(ص ) می دانند. محله محمديه با اينکه در قديم وسعت و سکنه چندان زيادی نداشته؛ ولی دارای شاخصه های بسيار مهمی از تمدن و پيشرفت از لحاظ فرهنگی و اقتصادی بوده است. محمدیه در کنار قناتهای آب شکل گرفته و این شکل گیری از ابتدا تا انتهای محمدیه ادامه دارد. وجود مساجد و حسینیههای با قدمت زیاد در محمدیه نشانگر، پیشینه مذهبی کهن در این منطقه است. آثار شاخص تاریخی فراوانی در این محله وجود دارد.