مجلس ششم شورای اسلامی از ۷ خرداد ۱۳۷۹ تا چهار سال قانونگذاری ایران را بر عهده داشت. این مجلس یکی از جنجالیترین و بحث برانگیزترین مجالس بعد از انقلاب بود؛ مجلسی که برخی میگویند تماما درگیر سیاسیکاری و دعواهای جناحی بود یا دیگرانی که میگویند مجلسی کارآمد در حوزههای اقتصادی، سیاسی و… بود. به هر حال درباره این مجلس، نقطه نظرات متفاوتی وجود دارد. انتخابات ششمین دوره مجلس، در دو دور در تاریخ ۲۹ بهمن ۱۳۷۸ و ۱۶ اردیبهشت ۱۳۷۹ برگزار شد. از مجموع ۳۸٬۷۲۶٬۴۳۱ نفر واجد شرایط رأی دادن، ۲۶٬۰۸۲٬۱۵۷ نفر در این دوره از انتخابات شرکت کردند. در این انتخابات، جبهه دوم خرداد توانست که حدود ۶۵درصد کرسیهای مجلس را به دست آورد. در تهران، فهرست نامزدهای پیشنهادی حزب جبهه مشارکت ایران اسلامی ۹۰درصد کرسیهای این حوزه را کسب کرد. نکته جالب توجه در این دوره از انتخابات مجلس این بود که بر طبق نتایج اولیه منتشر شده توسط وزارت کشور ۱۸ نفر اول راه یافته از تهران به مجلس ششم توانستند بیش از یک میلیون رأی کسب کنند. متوسط آرای ۳۰ نفر اول تهران بر طبق نتایج اولیه ۱٬۰۵۷٬۰۰۰ رأی بود که در نوع خود یک رکورد به حساب میآید. به ویژه آرای کسب شده توسط نفر اول حوزه انتخابیه تهران، شمیرانات، ری و اسلامشهر یعنی سید محمدرضا خاتمی در تاریخ جمهوری اسلامی بینظیر است.
در کنار این رکورد، رأی نسبتا پایین مرحوم هاشمی رفسنجانی و مهدی کروبی در حوزه انتخابیه تهران، اسلامشهر، ری و شمیرانات نیز قابل توجه بود. دور نخست انتخابات روز ۲۹ بهمن ۱۳۷۸ برگزار شد. شورای نگهبان با صدور اطلاعیهای در تاریخ ۱۱ اسفندماه از بروز «تخلف» در برخی از حوزههای انتخاباتی خبر داد اما ستاد انتخابات کشور بیانیه دیگری صادر کرد که در آن تأکید شده بود در همه صندوقهای اخذ رأی، علاوه بر نمایندگان هیئتهای اجرایی و بازرسان وزارت کشور و نمایندگان داوطلبان، ناظران شورای نگهبان نیز حضور داشتهاند و صورتجلسات شمارش آرا را به همراه اعضای شعبه امضا کردهاند.
در همین حال، نیروهای ملیمذهبی با صدور بیانیهای نگرانی خود را درباره شایعات مربوط به نحوه شمارش آرا در تهران اعلام کردند. در این بیانیه به «دخالت شبهنظامیان در شمارش آرا، تلاش جهت بالاآمدن افرادی خاص در فهرست تهران» و «حذف و عقب زدن معدود نامزدهای باقیمانده ائتلاف نیروهای ملیمذهبی» اشاره شده بود.
افزون بر اینها، درباره آرای علیرضا رجایی، نامزد مورد حمایت ائتلاف ملیمذهبی این بحث وجود داشت که همه آرایی که با نام رجایی به صندوق ریخته شده بود، به نام «سعید رجایی خراسانی» منظور شد. نیروهای ملیمذهبی پس از انتشار این خبر به هیئت نظارت اعتراض کردند. پس از اختلاف بین شورای نگهبان و وزارت کشور، قدیمی ذاکر، مدیرکل انتخابات وزارت کشور ۱۰ اسفند ۱۳۷۸ (۱۱ روز پس از انتخابات) اعلام کرد که بر اساس موافقت هیئت مرکزی نظارت بر انتخابات، آرای یکسوم صندوقهای حوزه انتخابیه تهران بازبینی و نتیجه آن ظرف پنج روز اعلام میشود. اصلاح قانون مطبوعات، ادغام سپاه در ارتش، نامه جام زهر و تحصن نمایندگان در اعتراض به ردصلاحیتها از اتفاقات مهم این دوره از مجلس بود. در پی اتفاقات مجلس و برخوردها و رفتارهای نمایندگان، هنگام انتخابات مجلس هفتم، شورای نگهبان با اعمال نظارت استصوابی حدود نیمی از نامزدان را به عنوان عدم پایبندی عملی به اسلام یا ثابت نشدن این پایبندی برای شورای نگهبان رد صلاحیت کرد.
در میان ردصلاحیتشدگان، جمع زیادی از نمایندگان اصلاحطلب مجلس ششم بودند. ۱۳۹ نماینده، در اعتراض به رد صلاحیتها در ساختمان مجلس تحصن کردند. با بی اثر ماندن اعتراضها و برگزاری انتخابات مجلس هفتم سر موعد مقرر، گروهی از نمایندگان تنها چاره کار را در استعفا یافتند. زنان مجلس ششم در کمیسیونها هم حضور پررنگی داشتند و جمیله کدیور، نماینده مردم تهران که مخبر کمیسیون اصل نود بود، عنوان پرکارترین مخبر کمیسیونهای مجلس را از آن خود کرد. او در جریان پرونده مرگ مشکوک زهرا کاظمی، عکاس و خبرنگار ایرانیکانادایی، پیگیرانه در زندان اوین نیز حضور داشت. از میان ۱۳ نماینده زن مجلس ششم ۹ نفرشان عضو هیئترئیسههای کمیسیونهای مختلف بودند، ولی این حضور پررنگ تبعات دیگری هم داشت و آن تنشهایی بود که بین آنها و مردان فراکسیون اصلاحطلب صاحب اکثریت مجلس رخ میداد.
درنهایت مجلس ششم در تاریخ ششم خرداد 1383 پایان یافت.